Como La casa de los espíritus pertenece al realismo mágico, la magia ocupa un lugar central. Esta se refleja en los personajes, como por ejemple en el de Clara, que en un principio en su niñez tenía la capacidad de mover objetos, comunicarse con espíritus y veía el futuro, como cuando predice que Esteban Trueba le iba a pedir matrimonio. Este personaje simboliza al alma de la casa de la esquina, y cuando ella muere la casa comienza a decaer, las flores se marchitan, la familia se separa, y la alegría, los huéspedes y los espíritus, tan característicos de la casa, se van. Esto demuestra que el pilar de la familia, la casa, y la magia, era Clara.
Otros personajes con cualidades mágicas son las hermanas Mora, que eran hermanas ancestrales de Clara que, al igual que ella, se comunicaban con los espíritus y mantuvieron una buena relación incluso después de la muerte. También Rosa, la hermana mayor de Clara, por su belleza sobrenatural que la hacía parecer un ser celestial con su piel blanca como de porcelana, su pelo verde y sus ojos amarillos. Otro personaje con características mágicas es Barrabás, el perro de Clara, que, por su tamaño descomunal, su raza desconocida, su extensa cola y su origen desconocido, pensaban que podía ser un caballo o “un animal exótico casado por el tío explorador”.
La magia y el misticismo, no sólo se presentan en los personajes, sino también en los acontecimientos. Algunos de estos acontecimientos son: cuando Férula va a la casa de Esteban, mientras este cenaba con su familia y besa a Clara en la mejilla y desaparece misteriosamente; este hecho simboliza que Férula había muerto y antes de irse su espíritu quiso despedirse de Clara. Otro hecho sobrenatural se ve cuando Clara decide ir a buscar la cabeza perdida de su mamá y luego de encontrarla la esconde bajo su cama, y esta extremidad es testigo del nacimiento de sus hijos. elementos sobrenaturales: son los inventos del tío Marcos como “el pájaro de dimensiones prehistóricas” con el que buscaba elevarse y cruzar la cordillera.
Se puede decir que las predicciones son muy importantes en la historia porque advierten a los lectores lo que va a pasar en el libro. Por ejemplo, la predicción que hace la última hermana Mora viva a Estaban Trueba y a Alba, en la que les advierte sobre su tormentoso futuro.
En fin, en el libro La casa de los espíritus la magia, el misticismo y los elementos sobrenaturales tienen un rol fundamental en la historia, y permiten que la novela no sea sólo un libro realista sobre la historia de una familia, sino que además los lectores puedan sorprenderse haciendo más llevadera la lectura y dándole una atmósfera de sueño a todo el libro. Por todo esto se puede asegurar que, como dijo Liliana Bodoc, “la ficción es un lenguaje poderosísimo para despertar o ahondar la comprensión de la realidad.”